Большой Государственный Совет
Большой Государственный Совет собирается для избрания Великого Магистра или его Лейтенанта. Согласно Статье 23 Конституции Великий Магистр считается избранным, если за него проголосовало большинство из присутствующих на Совете (с преимуществом в один голос). Имеют право голоса: Лейтенант Великого Магистра или Временный Лейтенант, члены Суверенного Совета, Прелат Ордена, Приоры, Бейлифы, по два признанных Рыцаря от каждого Приората и пятнадцать представителей Национальных Ассоциаций.
Генеральное Собрание
Генеральное Собрание представляет собой Верховную Ассамблею Рыцарей и собирается раз в пять лет для избрания членов Суверенного Совета, Правительственного Совета и Счетной Палаты; для внесения соответствующих изменений в Конституцию и Кодекс Мальтийского Ордена и для обсуждения важных вопросов, таких как духовный статус, программы гуманитарной помощи и международные отношения Ордена. Наряду с другими на Генеральном Собрании присутствуют представители организаций Ордена во всем мире: Великих Приоратов, Суб-Приоратов и Национальных Ассоциаций.
Суверенный Совет
Суверенный Совет помогает Великому Магистру управлять Орденом. Он состоит из Великого Магистра, который его возглавляет, четырех Высших Постов Ордена – Великого Командора, Великого Канцлера, Великого Госпитальера и Хранителя Общей Казны, а так же шести других членов. За исключением Великого Магистра все они избираются Генеральным собранием на пятилетний срок. Суверенный Совет созывается Великим Магистром, его совещания проходят в резиденции Мальтийского Ордена по крайней мере шесть раз в год, или когда в этом возникает необходимость.
Правительственный Совет
Это консультативный орган Суверенного Совета, занимающийся изучением политических, религиозных, госпитальных, международных вопросов и различных аспектов гуманитарной помощи. Его возглавляет и собирает Великий Магистр. Правительственный Совет состоит из шести Советников из различных регионов, избираемых Генеральным Собранием из Рыцарей в трех классах Ордена. Заседания Правительственного Совета проходят, по меньшей мере, дважды в год.
Счетная Палата
Отвечает за надзор и контроль над всеми доходами, расходами и всем имуществом Ордена. Состоит из Председателя, четырех постоянных экспертов и двух заместителей, избираемых Генеральным Собранием из Рыцарей, компетентных в юридических, экономических и финансовых областях. Счетная Палата является также консультативным органом Хранителя Общей Казны.
Совет по Связям
Совет по Связям руководит работой по осуществлению внутренних и внешних связей Ордена и оказывает помощь Великому Канцлеру в разработке и выполнении программ коммуникаций. Он состоит из Председателя и шестерых экспертов, избранных из членов Ордена, которые имеют опыт и знания в сфере средств связи, управления, связей с общественностью и средств массовой информации.
Юридический Совет
Это экспертно-консультативный коллегиальный орган, который, по согласованию с Суверенным Советом, консультирует Великого Магистра по юридическим вопросам. Он заседает в резиденции Ордена и состоит из Председателя, Вице-председателя, Генерального секретаря и четырех членов.
Члены Юридического Совета назначаются Великим Магистром после заслушивания мнения Суверенного Совета, по возможности из членов Ордена. Они должны быть опытными юристами экспертами в законодательстве Ордена, а также специалистами в публичном, международном и Каноническом праве.
Магистральные Суды
Согласно Кодексу Суверенного Мальтийского Ордена Магистральные Суды являются судами первой инстанции и апелляции. Президенты Суда обеих инстанций, судьи и Канцлер назначаются Великим Магистром при решающем голосе Суверенного Совета из членов Ордена, которые являются выдающимися специалистами права. За исключением случаев, оговоренных в Кодексе, процедура рассмотрения дел регулируется гражданским процессуальным Кодексом города-государства Ватикан. По единогласной письменной просьбе государств или субъектов международного права Магистральные Суды могут выступать арбитром в международных спорах.
Офис Государственного Адвоката
В соответствии с Кодексом Суверенного Мальтийского ордена Офис Государственного Адвоката оказывает юридическую помощь Организациям Ордена. когда в этом возникает необходимость. Он состоит из выдающихся профессиональных юристов, хорошо знающих обычаи и традиции Ордена: Государственного Адвоката и двух заместителей, которые назначаются Великим Магистром после заслушивания мнения Суверенного Совета на трехлетний срок, с возможностью последующего переизбрания.

Орден и его организация