Le drapeau rouge rectangulaire portant une croix latine blanche est le drapeau de l’État de l’Ordre Souverain de Malte. Appelé le drapeau de Saint Jean, il est utilisé depuis l’antiquité. Giacomo Bosio rappelle dans son “Histoire de l’Ordre” (1594) que le Pape Innocent II décréta en 1130 que “…La religion en guerre doit porter un étendard avec une croix blanche sur fond rouge”. À la suite de la bulle du Pape Alexandre IV de 1259, qui permettait aux Chevaliers en guerre le port d’une cape rouge avec une croix blanche, l’Ordre utilisa systématiquement la croix latine en tant qu’emblème. En 1291, l’Ordre abandonna la Terre Sainte et s’installa à Chypre, où sa vocation marine se développa; dès lors, et pendant six siècles, l’étendard chevalier flotta sur ses navires. Aujourd’hui, le drapeau de l’État flotte sur le Palais Magistral de l’Ordre à Rome, et accompagne le Grand Maître et les membres du Souverain Conseil à l’occasion des visites officielles.

Le drapeau rouge portant la croix blanche à huit pointes est le drapeau des activités de l’Ordre de Malte. La croix blanche à huit pointes a été utilisée par l’Ordre aussi longtemps que la croix latine; son origine est le lien ancien qui unit l’Ordre à la République d’Amalfi. Sous sa forme actuelle, elle date de plus de 400 ans; la première référence à une croix à huit pointes fut sa représentation sur les monnaies du Grand Maître Fulk de Villaret (1305-1319). Ce drapeau est utilisé par les Grands Prieurés et les Sous-Prieurés de l’Ordre, par ses 47 Associations nationales et plus de 100 Missions diplomatiques de par le monde. Il flotte aussi sur les hôpitaux, les centres médicaux et les centres de consultation externe, et là où les corps de secours de l’Ordre de Malte, ses fondations ou ses unités spécialisées travaillent.

Le drapeau rouge portant la croix blanche à huit pointes, entourée du Collier surmonté d’une couronne, est le drapeau personnel du Grand Maître. Il flotte sur le Palais Magistral et les résidence magistrales de l’Ordre lorsque le Grand Maître est présent.

Les Armes de l’Ordre portent, sur fond rouge ovale, la croix latine blanche octogonale, entourée d’un chapelet surmonté du manteau princier et de la couronne (tel que décrit dans l’Article 6 de la Charte Constitutionnelle de l’Ordre). Il s’agit de l’emblème du Grand Magistère de l’Ordre Souverain et de ses Institutions: les Grands Prieurés, les Sous-Prieurés, les Associations nationales et les Missions diplomatiques.

L’emblème est le symbole des activités médicales et humanitaires de l’Ordre de Malte de par le monde.
Il s’agit d’un blason rouge avec une croix blanche octogonale (tel que décrit dans l’Article 242 du Code de l’Ordre de Malte).